A estrutura curricular do PPGEC é organizada segundo as quatro áreas de concentração. Cada área de concentração apresenta um conjunto de disciplinas. No entanto, cada aluno pode cursar disciplinas de outras áreas ou ainda de qualquer outro PPG da Escola Politécnica ou mesmo da USP, complementando os conceitos fundamentais relacionados ao desenvolvimento da pesquisa. É possível também considerar disciplinas cursadas fora da USP, com uma limitação de 1/3 do número de créditos de disciplinas necessário para o curso em questão. Em pesquisas interdisciplinares, esse tipo de ação é comum e possibilita uma excelente formação aos alunos, pois permite uma visão integrada das diversas áreas. Algumas disciplinas dos Programas de Pós-Graduação da Escola de Engenharia de São Carlos são transmitidas para os alunos do PPGEC por videoconferência (e vice-versa), mesmo antes da pandemia. No entanto, por uma regulação da própria USP, há um limite que cada aluno pode cursar de disciplinas remotas, uma vez que o curso de pós-graduação é presencial.

As ementas e respectivas bibliografias das disciplinas do programa são obrigatoriamente atualizadas a cada 5 anos, como exigência da própria USP, a fim de manter a atualidade das disciplinas. Isso é fundamental e desejável em um PPG, especialmente para disciplinas associadas a itens relacionados à pesquisa docente, área que se atualiza constantemente. O docente proponente submete a proposta à comissão coordenadora do programa, que solicita parecer a outro docente da área, para avaliar a pertinência de seu oferecimento e atualidade. Nestes últimos anos, as informações básicas (título, ementa) das disciplinas têm sido disponibilizadas em inglês, incluindo consulta sobre disponibilização do curso em língua inglesa, visando maior internacionalização do programa.

O Programa é baseado em créditos (de acordo com o regimento geral da pós-graduação da USP, uma unidade de crédito corresponde a quinze horas de atividades), contabilizados por aulas, trabalhos científicos, participação em eventos e programa de aperfeiçoamento de ensino, elaboração da dissertação ou tese, totalizando 96 créditos para o mestrado, 176 para o doutorado e 224 para o doutorado direto, distribuídos da seguinte maneira:

• Créditos em disciplinas: 48 para o mestrado, 16 para o doutorado e 64 para o doutorado direto.
• Produção científica e participação em eventos são computadas como créditos especiais, podendo compor os créditos de disciplina com limites estabelecidos pelo regulamento do PPG e pelo regimento USP (16 créditos ou o teto de 50% dos créditos em disciplinas).
• A elaboração da dissertação contabiliza 48 créditos para o mestrado e a da tese contabiliza 160 créditos para o doutorado e doutorado direto.

As disciplinas podem ser classificadas como disciplinas obrigatórias (somente para a área de Engenharia de Estruturas) e disciplinas livres. Os alunos de todas as áreas também podem participar do Programa PAE (programa de aperfeiçoamento de ensino), onde recebem treinamento em didática e apoiam docentes em disciplinas de graduação visando à sua atuação futura como docentes em instituições de ensino. O Programa PAE pode ser contabilizado como créditos especiais, podendo compor os créditos de disciplinas em, no máximo, 4 créditos, seja para mestrado, doutorado ou doutorado direto. É uma atividade remunerada, ou seja, concede bolsa aos alunos de pós-graduação do programa.

Os alunos do programa também têm a possibilidade de realizar a sua formação buscando a dupla titulação com universidades estrangeiras, o que é definido em função de acordos internacionais específicos. A USP possui grande diversidade de convênios, incluindo diversas universidades de excelência (https://internationaloffice.usp.br/). Há também disciplinas desenvolvidas de forma colaborativa com universidades estrangeiras, com a vinda de docentes ou mesmo a sua participação remota de modo a ampliar o nível de internacionalização do programa.

A estrutura proposta para o Programa possibilita que os alunos desenvolvam sua formação por meio de um diversificado elenco de disciplinas que permitam uma visão interdisciplinar das diversas áreas da Engenharia Civil, conjuntamente com áreas de conhecimento fundamental na USP (matemática e estatística, física, química etc) ou novas tendências (cientista empreendedor, dentre outras), sempre atualizadas em relação às tendências internacionais. Nesse processo é muito importante fortalecer a relação aluno-orientador ou aluno-orientadores como caminho decisório na formação específica do aluno, além de incentivá-lo a se engajar em diferentes aspectos da vida acadêmica com especial enfoque na interação com as distintas áreas. Esta abordagem favorece o desenvolvimento, por parte dos alunos, das habilidades e competências necessárias para sua evolução profissional e para melhor desenvolvimento de sua pesquisa, permitindo trabalhar em ambientes multidisciplinares.